El Cereso fue inaugurado el 30 de marzo del 2016 por el ex gobernador Gabino Cué y, de acuerdo con la información oficial, los reclusos de seis cárceles estatales serían llevados al nuevo penal ese mismo mes. Sin embargo, el traslado se aplazó para junio y luego para septiembre de ese año, pero hasta la fecha no se ha realizado.

De acuerdo con la Auditoría, en una visita a la obra, realizada en julio de 2015, “se comprobó que en la parte frontal y laterales del inmueble no se ejecutaron las actividades que corresponden a 97 mil 578.6 metros cuadrados; además, no se presentaron las pruebas de laboratorio ni el reporte fotográfico que acrediten su ejecución”.
Sobre esta observación, la Sinfra reconoció ante la ASF que existe un área de obra no ejecutada de cinco mil 168 metros cuadrados en la parte frontal del reclusorio, que equivale a 1 millón de pesos.
El organismo fiscalizador también encontró deficiencias en el acabado aparente de pisos y muros, por un monto de 1 millón 722 mil pesos, correspondientes al contrato de obra pública número J03 UI 02 08 0001/2014.
Además, no se cumplió con las normas técnicas para la construcción de los espacios de tratamiento hospitalario, ni los requerimientos de la carpeta asfáltica en vialidades y estacionamiento.

El 1 de diciembre, la SSPO, a través de la Subsecretaría de Prevención y Reinserción Social, confirmó que fueron clausurados dos Centros de Internamiento en la región de la Mixteca.
La dependencia detalló que dicha decisión se tomó “a fin de garantizar la integridad física y vida de las personas privadas de su libertad, así como del personal penitenciario y visitantes, toda vez que fueron precisamente las infraestructuras de los Centros de Reinserción Social de Tlaxiaco y de Huajuapan de León las más afectadas con los recientes sismos, impidiendo ello el desarrollo de sus actividades de manera habitual”.
Por esa razón, la noche del jueves 30 de noviembre, en coordinación con la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena), reubicaron a los internos del penal de Tlaxiaco, ubicado en la Villa de Etla, al que está en San Juan Bautista Cuicatlán.
A los presos del Cereso de Huajuapan los mudaron a la cárcel de Miahuatlán de Porfirio Díaz, ubicada en la Sierra Sur.