Pese a la distinción, la ciudad de Oaxaca se encuentra actualmente invadida por el comercio ambulante y la basura, ante los constantes problemas que el ayuntamiento capitalino que encabeza el edil, Oswaldo García Jarquín, mantiene con quienes otorgan el servicio de recolección.
En tanto, el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) destaca respecto a Monte Albán que: la zona arqueológica, en sí misma, ha desarrollado importantes innovaciones para la conservación, la investigación y la difusión. Así, en 1998 fue protagonista del primer Plan de Manejo, modelo activo en el resto de las zonas arqueológicas del país, cuyos preceptos en la gestión han servido de ejemplo en otros lugares del mundo, en particular de Centro y Sudamérica.
Ante la pandemia por Covid-19, la zona arqueológica de Monte Albán ha restringido sus visitas a 400 personas diarias, implementando medidas sanitarias pese al semáforo verde en el que se mantiene el estado de Oaxaca.