Luego de su gestión, Martínez Helmes fue sometido a investigación por diversas anomalías encontradas en las finanzas de la universidad, razón por lo que se presumen desvíos de recursos bajo su responsabilidad.
Sólo en 2016, al finalizar el periodo de Martínez Helmes, la Auditoría Superior de la Federación detectó irregularidades por más de 56 millones de pesos; no obstante, la cifra podría ser de hasta 90 millones de pesos.
A fines de 2020, el exfuncionario de la Máxima Casa de Estudios del estado interpuso tres amparos contra disposiciones de diversas instancias.
El Poder Judicial de la Federación le concedió entonces la suspensión provisional ante cualquier intento de aprehensión por parte del Juez de Control de Cuicatlán y la Fiscalía Especializada en Materia de Combate a la Corrupción.