El proceso se realizó tras las firmas de las actas de transferencia por parte de ambos cuerpos jurídicos, en presencia de representatividad de la Secretaría de Honestidad, Transparencia y Función Pública y de personal de la Dirección de Patrimonio de la Secretaría de Administración.
Una vez concluido este procedimiento como lo marca la normatividad, la Secretaría como encargada de la administración de museos y difusión de las bellas artes, será la encargada de coordinar el MACO.

Tras notificar legalmente que el comodato quedó rescindido, se iniciaron los trámites administrativos para preparar la entrega-recepción del patrimonio que alberga el inmueble, y se comenzó la revisión de las obras artísticas del acervo que corresponden al Gobierno del Estado y a la población oaxaqueña.
Cabe mencionar que el MACO abrió sus puertas el 28 de febrero de 1992, con el objetivo de resguardar y difundir la obra de los más destacados artistas oaxaqueños.