La casa de estudios paga diversas prestaciones a sus trabajadores académicos y administrativos, que si bien es cierto están previstas en los tres contratos colectivos de trabajo, no están contempladas en el Convenio de Apoyo Financiero de la UABJO.

Sobre el control de la nómina, la Sección 35 del SNTSA demandó que no se presente distinción entre los trabajadores y propuso que exista una sola fuente de financiamiento que permita que el pago se realice de manera homogénea.