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La segunda ocasión se cerró en el mes de junio del 2020, después de las confrontaciones que se desataron entre los seguidores de las autoridades comunitarias y el presidente municipal que dejó 16 personas asesinadas en Huazantlan del Río, 15 de las como parte de la peor masacre que se ha registrado en una comunidad indígena de Oaxaca.
La suspensión de los servicios duró cinco meses, y se reaperturó en el mes de noviembre después de mesas de diálogo.

La dependencia indicó que se llevaron a cabo varias mesas de diálogo con las autoridades municipales, por lo que se sumaron esfuerzos y se acordó la reapertura de la clínica, en beneficio de la población y garantizando la seguridad del personal.
En un comunicado de prensa, las autoridades indicaron que es prioridad de la actual administración continuar con el servicio médico y preventivo en este municipio, con el objetivo de fortalecer las acciones y medidas ante la emergencia sanitaria por el virus SARVS-CoV- 2, así como de los diferentes programas que llevan a cabo los SSO.
Mientras que las autoridades comunitarias se comprometieron en coordinación con los representantes de los diferentes barrios, secciones y colonias, en brindar la seguridad necesaria para garantizar la integridad física del personal durante su jornada laboral, para lograr un óptimo funcionamiento y un espacio seguro para los trabajadores de salud.